Через личный кабинет на сайте ФНС (просто прикрепите сканы всех документов из Шага 1 и подпишите электронной подписью, которую можно скачать там же).
Лично в налоговой инспекции (по месту прописки).
Срок подачи — до 30 апреля года, следующего за годом лечения. Но если вы хотите просто вернуть деньги, а не отчитываться о доходах, подать можно в любое время года (хоть в декабре).